El transporte aéreo es una conexión esencial para la comunicación de Melilla con la Península. El aeropuerto garantiza la comunicación diaria con la Península. En la actualidad, la línea Melilla-Málaga la cubre IBERIA Regional AIR NOSTRUM con ocho vuelos diarios, así como tres vuelos diarios a Madrid, un vuelo diario a Almería y Barcelona y otro a Granada. Complementariamente, la compañía local Meliyet ofrece servicios de aerotaxi.